Sběr vzorků faryngálního tamponu vyžaduje třístupňovou ochranu. Během procesu odběru vzorků může pacient pociťovat náhlou nevolnost a kašel v důsledku nepohodlí z hltanu, což vede k rozstřiku. I když některá pracoviště, kde se odebírají vzorky tamponů v krku, jsou umístěna venku, aby bylo zajištěno účinné větrání, vysoké riziko tohoto postupu není zaručeno. Nosní výtěry, na druhé straně, může stát na straně pacienta a vyhnout se spuštění pacienta citlivý hltanu reflex (obvykle nevolnost, ale v těžkých případech zvracení, vyvolané zadní hltanu stěny, základna jazyka, a bilaterální palatal oblouk).
Riziko odběru vzorků nosního výtěru je proto nižší než riziko odběru vzorků výtěru hltanu.
